Je nach Regen oder Trockenheit fließt hier schon Wasser oder man findet es erst ein kleines Stück weiter unten. Die ersten 6,5 km fließt die Maltsch auf österreichischem Boden. In einer Länge von 22 km bildet sie in den Gemeinden Windhaag bei Freistadt und Leopoldschlag eine natürliche Grenze zu Tschechien. Bei Dolní Dvo?išt? (Unterhaid) wendet sie sich endgültig in Richtung Tschechien und fließt durch Rychnov nad Malší (Reichenau an der Maltsch), Kaplice (Kaplitz), ?ímov (Rimau) und Doudleby (Teindles) nach ?eské Bud?jovice (Budweis). Hier mündet sie nach 96 km Gesamtlänge im Zentrum der Stadt auf 385 m Seehöhe in die Moldau.

Auf der Maltsch gab es vermutlich die älteste Holzschwemme des Mühlviertels, die älteste urkundliche Dokumentation stammt aus dem Jahr 1685. Das Holz wurde aus dem Freiwald in Richtung Leopoldschlag und Unterhaid geschwemmt und von dort in Richtung Norden weitertransportiert. Ab den 1830er Jahren geschah dies mit Hilfe der Pferdeeisenbahn. Das Holz kam vor allem aus den Gebieten um die Orte Windhaag, Leopoldschlag und Zettwing, die abwechselnd das Vorrecht für die erste Schwemme des Jahres bekamen.

Ob die Schwemme regelmäßig in Betrieb war ist ungesichert, da die Holztrift auf Grund fehlender Schwemmteiche, dem geringen Gefälle und der geringen Wasserführung des Flusses sehr beschwerlich war. Die Schwemme dürfte oftmals längere Zeit brach gelegen haben. Daher wird davon ausgegangen, dass 1842 die letzte derartige Schwemme stattfand.