Der St. Rupert Pilgerweg beginnt im Pilgerzentrum Altötting. Weiter geht es in südlicher Richtung über die Salzachstadt Tittmoning mit dem Heimathaus des Rupertiwinkels in der Burg und der Wallfahrtskirche Maria Brunn. Anschließend führt der Weg an die Nordspitze des Tachinger Sees mit der Wallfahrtskirche St. Coloman, von der man einen herrlichen Blick über den Tachinger- und Waginger See bis hinein in die Alpen genießen kann.
Richtung Süden verläuft der Pilgerweg über Taching, Waging am See mit dem Bajuwarenmuseum bis in den Ortsteil Gaden mit einer außergewöhnlichen St. Rupertkirche. Nach Osten hin zweigt hier eine Alternativroute des Pilgerweges ab und führt über Petting, das Schönramer Filz, die Salzachstadt Laufen, Oberndorf, Seekirchen, einer der ersten Gründungen Ruperts bis weiter nach St. Gilgen mit Anschluss an den bereits seit 2007 bestehenden St. Rupert Pilgerweg nach Bischofshofen.
Weiter nach Süden verläuft die Route vorbei an den Wallfahrtskirchen Mariae Heimsuchung auf dem Mühlberg und Maria Tanne bis in die Salinenstadt Traunstein. Nicht nur das Bildungs- und Exerzitienhaus St. Rupert, die Salinenkapelle St. Rupert und Maximilian und der Rupertusbrunnen erinnern hier an den Namensgeber des Pilgerweges. Die Stadt war ein Zentrum des damaligen Salinenwesens, verdankte ihren Aufstieg und Reichtum dem Salzhandel und der Salzverarbeitung.
Die Pilgerroute läuft südlich durch Siegsdorf und weiter in das bekannte Alpendorf Inzell. Hier schließt der Weg an den Salinenweg an, der den Verlauf der ältesten Pipeline der Welt markiert. Mit dieser Holzpipeline wurde damals das in Wasser gelöste Salz der Berchtesgadener Alpen bis nach Traunstein und später nach Rosenheim transportiert und in den dortigen Sudpfannen wieder verdampft bzw. das Salz rückgewonnen.
Von Inzell aus verläuft der Weg weiter durch das Berchtesgadener Land über Weißbach, Bad Reichenhall mit der St. Rupert Kapelle unmittelbar beim Industriedenkmal der Salzgeschichte, der Alten Saline. Nahezu jede Kirche und ein monumentales Fresko am alten Rathaus zeigen die große Bedeutung Ruperts für die Salz –und Thermenstadt. Von dort aus nähert sich der Pilgerweg über Piding, Ainring und Freilassing seinem Ziel, der Mozartstadt Salzburg mit dem Bischofssitz und dem Reliquiengrab des Heiligen Rupert.